Скорее всего, потеря информации происходит из-за поврежденной файловой структуры флешки. Эта самая частая проблема “вылета” данных, которую легко устранить при помощи качественных программ по восстановлению. Приложения-реконструкторы хороши тем, что пропускают служебную информацию на флешке и обращаются к памяти напрямую. Как правило, из памяти устройства можно извлечь если не все, то хотя бы некоторые данные, которые будут пригодны для дальнейшей работы. В результате манипуляций, используя специальные программы, мы восстановим данные, содержащиеся на флешке. Важно то, что flash-носитель будет работать абсолютно корректно после процедуры реанимации данных.
Программ для восстановления файлов на флешке - бесчисленное множество. Часть из них предназначена для работы с жесткими дисками, системными разделами, для восстановления специфических файловых форматов. Я предлагаю вам ознакомиться с более-менее универсальными программами, которые работают с мобильными устройствами хранения, как то флеш-карты и sd карты памяти:

• CardRecovery 6.10
• PhotoRec 7.1
• Recover My Files 5.2.1
• Recuva 1.53
• RS Data Recovery 4.0
• R-Studio 8.5 build 170117
• Scavenger® 5.3
• Undelete 360
• Unformat 7.0

Также в архиве присутствует подробное описание каждой программы, для чего именно она предназначена и принцип ее работы.